Rođen je 1972. godine u Beogradu.
Diplomirao je i magistrirao na Ekonomskom fakultetu Univerziteta u Beogradu, smer marketing, na temu „Trgovinske izložbe kao instrument promocije preduzeća“. Magistrirao na Washington University u Sent Louis-u, smer finansije. Doktorsku disertaciju odbranio je 2013. godine, na temu „Kreiranje vrednosti kroz proces restrukturiranja i privatizacije – Teorijske koncepcije i ostvareni rezultati u Srbiji“ na Fakultetu organizacionih nauka u Beogradu.
Veliki broj univerzitetskih profesora već duže vreme osporava doktorsku titulu Siniše Malog, pošto je profesor Raša Karapandža još 2014. godine ustanovio da je više od trećine rada plagirano. Etička komisija FON-a je krajem 2016. utvrdila da disertacija nije plagijat, ali su Rektorski kolegijum i Senat Univerziteta konstatovali da stručne ocene nisu u kompetenciji etičke komisije i zatražili od FON-a da formira
novu komisiju koja će ispitatiti doktorat. Početkom 2018. grupa profesora i doktora nauka zatražila je da se taj doktorat poništi zato što smatraju da je rad plagiran, da se Mali ne promoviše u zvanje doktora nauka, a da članovi komisije pred kojima je branio doktorsku tezu budu procesuirani pred Etičkom komisijom.
Kako navodi u zvaničnoj biografiji, pre preuzimanja položaja pomoćnika ministra za privatizaciju 2001. godine, radio je u Credit Suisse First Boston u Njujorku u Mergers & Acquisitions group. Pre toga proveo je četiri godine kao rukovodilac konsultantskoj firmi Deloitte & Touche, od čega dve godine u Pragu i dve godine u Beogradu, gde je radio na poslovima privatizacije, kupovine i prodaje preduzeća, restrukturiranja i konsolidacije, poslovne analize.
U februaru 2001. godine, postavljen je za pomoćnika ministra za privatizaciju. U ovom periodu, bio je zadužen za pripremu zakonske regulative u vezi sa novim konceptom privatizacije (Zakon o privatizaciji, Zakon o Agenciji za privatizaciju, Zakon o Akcijskom fondu, Uredba o tenderima, Uredba o aukcijama, Uredba o restrukturiranju, Uredba o proceni vrednosti), kao i pripremnim aktivnostima samih preduzeća za predstojeći proces.
Krajem 2001. prelazi u Agenciju za privatizaciju, gde postaje direktor Centra za privatizaciju. Sa tog mesta vodi tendersku i aukcijsku privatizaciju, restrukturiranje i tržište kapitala. Nakon ukidanja Centra za privatizaciju, postaje direktor Centra za tendere, a na toj poziciji ostaje do kraja 2003. godine.
Od 2003. godine, nosilac je zvanja Chartered Financial Analyst (CFA) i član CFA Instituta. Takođe, nosilac je licence portfolio menadžera koju izdaje Komisija za hartije od vrednosti Republike Srbije. Član je Srpsko – britanskog poslovnog kluba, Srpske Asocijacije Menadžera, kao i Fulbraight asocijacije.
Početkom 2004. osnovao je svoju kompaniju, koja se bavi savetovanjem u oblasti kupovine i prodaje preduzeća, finansijskog restrukturiranja, konsolidacije poslovanja i savetovanja kompanija.
U avgustu 2004. njegovo ime pominjano je u vezi sa poništavanjem aukcijske prodaje subotičke fabrike vagona “Bratstvo”. Naime, prema pisanju medija, tada je 70 odsto društvenog kapitala firme, u ime konzorcijuma iz Beograda, kupio Branislav Mali, otac Siniše Malog. Ministarstvo privrede tada je utvrdilo da je otac Branislav Mali koristio podatke koji nisu bili poznati drugim učesnicima aukcijske prodaje, kao i da je te podatke mogao saopštiti samo njegov sin (Siniša Mali), koji je bio angažovan u Agenciji za privatizaciju. Posle odlaska iz Agencija za privatizaciju zapošljava se „Lukoilu“.
Siniša Mali široj javnosti postaje poznat tek od 2012. godine kada je postao savetnik za ekonomska i privredna pitanja tada prvog potpredsednika Vlade Aleksandra Vučića. Već početkom sledeće godine (2013) postaje i glavni srpski pregovarač sa investitorima iz Ujedinjenih Arapskih Emirata. Vodio je pregovore o strateškom partnerstvu između tadašnjeg državnog preduzeća JAT i Etihada. Potpisivanjem sporazuma o partnerstvu, u avgustu iste godine Srbija je dobila novu aviokompaniju Er Srbija, a Mali postaje predsednik Nadzornog odbora Er Srbije.
Odlukom Vlade Srbije, 18. novembra 2013. godine kao kandidat SNS-a postavljen je za predsednika Privremenog organa grada Beograda i tu ostaje do raspisivanja izbora 16. marta 2014. godine.
Za gradonačelnika Beograda izabran je 24. aprila 2014. godine.
Nakon rušenja nekoliko privatnih objekata u Savamali u noći posle izbora u aprilu 2016. godine, zbog izgradnje projekta Beograd na vodi, usledili su masovni protesti sa zahtevom da Mali podnese ostavku. Aleksandar Vučić, tada predsednik Vlade, u junu 2016. obznanio je da su za rušenje u Hercegovačkog odgovorni gradski čelnici, a nakon toga je nekoliko puta obećavao da će Mali podneti ostavku i da neće dugo ostati na mestu gradonačelnika.
Mali je, međutim, rekao da će eventualno podneti ostavku u slučaju preveremenih izbora, ali da sa te funkcije „odlazi nasmejan“. Uprkos tome, na funkciji je dočekao lokalne izbore u Beogradu u martu 2018, a njegova uloga u aferi Savamala nikada nije rasvetljena.
Za rušenje u Savamali gradonačelnika Beograda je optužila i njegova bivša supruga Marija Mali. Ona je u februaru 2017. u intervjuu KRIK-u optužla Malog da je odgovoran za organizaciju rušenja u Hercegovačkoj, pošto joj je navodno priznao svoju umešanost. Tada je ispričala i da je izgubila starateljstvo nad decom nakon što je podnela tužbu za nasilje u porodici protiv Malog. Međutim, već u martu iste godine bivši supružnici su u zajedničkom saopštenju poručili da će oboje ravnopravno podizati decu, kao i da u javnosti više neće govoriti o svom privatnom životu.
Pored Savamale i optužbi da je plagirao doktorat, karijeru Siniše Malog na mestu prvog čoveka Beograda obeležilo je još nekoliko afera, između ostalih „afera 24 stana u Bugarskoj“ i “45 bankovnih računa”. Naime, izveštaj Uprave za sprečavanje pranja novca iz novembra 2016. pokazao je da je Mali kontrolisao najmanje 45 bankovnih računa od kojih neki nisu otvoreni na njegovo ime, a, prema pisanju KRIK-a, u izveštaju postoji više sumnjivih novčanih transkacija u kojima je učestvovao gradonačelnik Beograda.
Inače, brojna sporna pitanja u vezi sa Beogradom na vodi i noćnom akcijom rušenja u Savamali, ostala su bez odgovora, jer su praktično ove teme postale „zabranjeno voće“ za medije. Tako je Istinomer tokom izveštavanja o Beogradu na vodi i rušenju u Hercegovačkoj imao „bliski susret“ prvo sa komunalnom policijom, koja je zabranila snimanje u blizini restorana „Savanova“ i napisala prekršajne prijave novinarskoj ekipi, a zatim i sa samim gradonačelnikom Malim, koje je u pokušaju da izbegne odgovor na pitanje o rušenju, odgurnuo novinarku Istinomera.
Mali je izabran za ministra finansija 29. maja 2018. na predlog premijerke Ane Brnabić. Siniša Mali je na toj poziciji zamenio Dušana Vujovića, koji je ranije podneo ostavku iz ličnih razloga.
Početkom jula, 2019. goodine, Mali je imenovan na mesto predsednika Koordinacionog tela za sprečavanje pranja novca i finansiranja terorizma na kojem je zamenio ministra unutrašnih poslova, Nebojšu Stefanovića. U isto vreme, Siniša Mali je dobio još jednu fuknciju, guvernera Srbije u Azijskoj infrastrukturnoj investicionoj banci.
Odbor za profesionalnu etiku Univerziteta u Beogradu predložio je 21. novembra 2019. Senatu Univerziteta da postupi po pravilniku o poništavanju doktorata, jer je „utvrdio postojanje neakademskog ponašanja u njegovom radu“, izjavila je rektorka Univerziteta Ivanka Popović, ističući da je Mali prekrišio etički kodeks Univerziteta jer je bez navođenja citirao tekstove drugih autora.
Na funkciji ministra finansija ostao je i u novoj Vladi Srbije izabranoj u oktobru 2020.
U novembru 2021. na Skupštini SNS izabran je za potpredsednika stranke.
U decembru 2021. Senat Univerziteta u Beogradu poništio je jednoglasno odluku o dodeljivanju doktorata Siniši Malom.
Kada je u oktobru 2022. formirana nova Vlada Srbije opet mu je pripala funkcija ministra finansija, ali i potpredsednika.
U maju 2024. formirana je nova Vlada Srbije u kojoj je zauzeo funkcije prvog potpredsednika i ministra finansija.
