Rođen 1959. godine u Velimlju (Banjani). Svetovno ime mu je Jovan Mićović.
U zvaničnoj biografiji navodi se da je gimnaziju završio u Nikšiću, a diplomirao na Bogoslovskom fakultetu SPC u Beogradu 1990. godine i apsolvirao filozofiju na Filozofskom fakultetu u Beogradu.
„Zamonašio se u manastiru Ćelija Piperska 30. oktobra 1990. godine. Rukopoložen je u čin jerođakona 7. februara 1991. godine, a u čin jeromonaha 17. februara 1991. godine, kada je i postavljen za v.d. nastojatelja manastira Savina. 1. septembra 1992. godine postavljen je za nastojatelja Cetinjskog manastira, nastavnika i glavnog vaspitača u novoobnovljenoj Cetinjskoj bogosloviji. Septembra 1995. godine unaprijeđen je u čin protosinđela i postavljen za v.d. rektora Cetinjske bogoslovije“, piše u biografiji.
Za vikarnog episkopa budimljanskog izabrao ga je Sveti arhijerejski sabor na redovnom zasedanju u maju 1999. godine.
„Hirotonisan je na Cetinju u čin episkopa od strane patrijarha srpskog gospodina Pavla, uz sasluženje mitropolita Amfilohija i još 12 arhijereja, 3. juna 1999. godine“, ističe se u biografiji.
Sveti arhijerejski sabor SPC je u maju 2001. osnovao Eparhiju budimljansko-nikšićku sa sedištem u Đurđevim stupovima i za njenog administratora postavio episkopa Joanikija.
„Sveti Arhijerejski Sabor na majskom zasjedanju 2002. godine izabrao ga je za episkopa budimljansko-nikšićkog, a ustoličenje je obavljeno 4. avgusta u manastiru Đurđevi Stupovi u kojem je bilo drevno sjedište Episkopije budimljanske osnovane Svetim Savom 1220. godine. Od izbora za Episkopa budimljansko-nikšićkog episkop Joanikije pokrenuo je u povjerenoj mu Eparhiji obnovu ranije porušenih i izgradnju novih crkava i manastira, više od 60 svetinja od kojih su većina već završene i osveštane. Sa obnovom svetinja započeo je i obnovu monaštva po opštežiteljnom ili skitskom ustavu. Pokrenuo je eparhijski list ‘Sveviđe’ i izdavačku djelatnost u Eparhiji“, navodi se u biografiji.
Do sada je bio član Svetog arhijerejskog sinoda SPC u dva mandata: od 2005. do 2007. godine i od 2012. do 2014. godine.
U decembru 2019. kada je u beogradskom hotelu „Kraun plaza“ pucano u biznismena Miodraga Daku Davidovića, bio je za istim stolom sa Davidovićem.
„Te večeri, oko 21 sat, Davidović je sa episkopom Joanikijem sedeo u kafe-restoranu ‘Prajm’ na međuspratu poznatog hotela. Iznenada se uhvatio za ruku, jer je osetio da ga je nešto pogodilo. Krv je šiknula, a jedan od momaka iz pratnje ovog biznismena je uzviknuo ‘Snajper!’ i naredio da svi legnu. To je verovatno crnogorskom biznismenu spaslo glavu, kao i činjenica da je prozorsko staklo toliko debelo da je donekle poremetilo putanju metka. Odmah posle uviđaja policija je uradila rekonstrukciju u pokušaju da utvrdi odakle je mogao doći hitac.“ (Večernje novosti, 13. 12. 2019. godine)
Krajem 2019. i početkom 2020. u većini gradova Crne Gore održavane su litije i molebani u znak protesta zbog usvajanja Zakona o slobodi veroispovesti.
„Ovakvi diskriminatorski zakoni nigde u svetu danas se ne donose. Mi ćemo nastaviti sa mirnim, građanskim i hrišćanskim otporom, javno i svenarodno svedočeći svoje protivljenje zlu koje vlast čini gazeći slobodu vere i osnovna verska prava. Istovremeno ćemo pokrenuti sve pravne mehanizme koji nam stoje na raspolaganju da kod domaćih i stranih institucija tražimo zaštitu imovinskih i ostalih davnostečenih prava svih eparhija Srpske pravoslavne crkve u Crnoj Gori. Konačno, spremni smo da sa vernim narodom branimo svetinje, kao i naši preci, od otimanja i skrnavljenja, ako bude trebalo i svojim životima, kazao je vladika Joanikije.“ (Večernje novosti, 12. 1. 2020. godine)
U maju 2020. episkopu Joanikiju i sedmorici sveštenika Mitropolije crnogorsko-primorske u Osnovnom državnom tužilaštvu u Nikšiću određeno je zadržavanje do 72 sata zbog kršenja mera za suzbijanje korona virusa, a povodom održavanja litije u tom gradu.
„U Nikšiću, Pljevljima, Beranama i Budvi organizovani su protesti zbog hapšenja episkopa budimljansko-nikšićkog Joanikija i sedmorice sveštenika Srpske pravoslavne crkve. Tokom dana su jake policijske snage suzavcem i upotrebom sile razbile blokadu magistralnog puta kod Andrijevice i tom prilikom uhapšeno je više ljudi. Mediji javljaju da su građani opet blokirali taj put. Reagovale su političke stranke i u Srbiji i u Crnoj Gori.“ (RTS, 13. 5. 2020. godine)
Posle tri dana vladika i sveštenici pušteni su na slobodu.
„Posle nekoliko dana dodatno povećanih napetosti u Crnoj Gori, njihovo puštanje na slobodu dočekalo je hiljade građana na ulici. Oni su okupljeni ispred zgrade Osnovnog suda slavili skandirajući ‘Vladika, pobjeda’ i ‘Nikšićani brane svetinje’.“ (Mondo, 16. 5. 2020. godine)
Posle promene vlasti u Crnoj Gori izmenjen je predlog Zakona o slobodi veroispovesti, a episkop Joanikije, koji je nakon smrti mitropolita Amfilohija postavljen za administratora Mitropolije crnogorsko-primorske, izjavio je da su „Mitropolija crnogorsko-primorska i ostale eparhije SPC u Crnoj Gori zadovoljne izmenama Zakona o slobodi veroispovesti, jer taj akt nije diskriminatorski i ne atakuje ni na jednu versku zajednicu u državi“.
„Vidio sam taj tekst zakona i ukoliko nema nekih dodataka, ja sam potpuno saglasan sa tim što je predloženo. Ovo je sigurno napredniji i savremeniji zakon od onog koji je ranije usvojen i u njemu se nijesu našle odredbe koje su tretirane drugim aktima, kao što su članovi o imovini. Ako su imovinska prava svih regulisana Zakonom o svojinsko-pravnim odnosima, onda nema razloga da se to pitanje uređuje zakonom o vjerama’, kazao je Joanikije“. (RTS, 18. 12. 2020. godine)
Krajem novembra 2020. izjavio je da je proterivanjem ambasadora Srbije Vladimira Božovića odlazeća vlast Crne Gore imala „zlu nameru da podigne tenzije i produbi podele u crnogorskom društvu, naročito među braćom pravoslavne vere, da izazove recipročne mere Srbije da bi se medijskom larmom u regionu posijalo što više otrova i bratske mržnje“. (FoNet, 29. 11. 2020. godine)
Povodom izjave predsednika Crne Gore Mila Đukanovića da je s pokojnim mitropolitom Amfilohijem odmah nakon referenduma o nezavisnosti 2006. razgovarao o tome da se crkva u Crnoj Gori zove samo „Pravoslavna“, bez nacionalnog predznaka, i da „ta ideja na startu nije bila odbačena“, episkop Joanikije je ocenio je da Đukanović Amfilohija „svojim klevetama pokušava da uznemiri i na Onom svetu“.
„U svom poslednjem intervjuu agenciji Beta, Đukanović je izjavio kako živi za dan kada će se ustanoviti ko je uknjižavao crkvenu imovinu 1990-ih godina i kasnije. Čovek za koga se piše i govori da ima najviše nezakonito stečene imovine u Crnoj Gori (i šire), hoće da proverava kako je Crkva sticala imovinu za poslednjih osam vekova? Principijelno, nema šta. Svi su jednaki pred zakonom osim predsednika“, napisao je Joanikije. (N1, 11. 12. 2020. godine)
U medijima se pominje kao mogući kandidat za novog patrijarha SPC, ali i mitropolita crnogorsko-primorskog.
Foto: FoNet/SPC – Eparhija budimljansko-nikšićka
