Rođen je 1952. u Bosanskom Šamcu.
U Jugoslaviju se vratio 1989. godine, postao je profesor na Filozofskom fakultetu u Novom Sadu i viši naučni saradnik u beogradskom Centru za filozofiju i društvenu teoriju. Sa još 12 intelektualaca iste godine je je inicirao obnavljanje Demokratske stranke. Septembra 1990. izabran je za predsednika Izvršnog odbora stranke. Biran je za poslanika u prva tri višestranačka saziva Narodne skupštine Srbije i Veću republika Skupštine SRJ. Januara 1994. postaje predsednik Demokratske stranke.
Nakon uličnih protesta koalicije „Zajedno“ zbog izborne krađe i poništenih izbora 1996/97, izabran je za gradonačelnika Beograda februara 1997. godine. Nekoliko meseci kasnije raspada se koalicija i Đinđić biva smenjen.
Odigrao je važnu ulogu u svrgavanju Slobodana Miloševića sa vlasti i 5-ooktobarskim demonstracijama. Juna 2000. Đinđić je preuzeo funkciju koordinatora u Savezu za promene, a zatim postao i šef izbornog štaba DOS-a za izbore septembra 2000. Na izborima Đinđić je izabran za poslanika u Veću republika Skupštine SRJ. Na republičkim izborima održanim u decembru 2000. godine ponovo pobeđuje DOS, a Đinđić je januara 2001. godine imenovan za mandatara Vlade Srbije. Dobitnik je ugledne nagrade „Bambi“ za 2000. u oblasti politike i nagradu Fondacije „Polak“ za 2002. za doprinos razvoju demokratije u Srbiji.
12. marta. 2003. Zoran Đinđić, predsednik Vlade Republike Srbije, je ubijen pred zgradom Vlade u atentatu koji su organizovali pripadnici JSO i „zemunski klan“.